Pemurnian enzim cathepsin C diperoleh melalui penggunaan colom kromatografi S-Sepharose FF, Sephacryl S-200 HR, Concanavalin A-Agarose, Affi-gel 501 dan DEAE-Sephacel. Dari 160 g ginjal ikan mas diperoleh 0,33 mg enzim cathepsin C, dengan hasil pemurnian 150 kali. Berat molekul cathepsin C adalah 170 kDa yang terdiri dari 5 subunit, dengan berat molekul berkisar antara 10 sampai 20 kDa. Cathepsin C adalah oligomerik protein dan aktif sebagai eksopeptidase (pH 5) maupun endopeptidase (pH 7)
