Kajian Variasi Sekuens Interspesies dan Filogeni Kelelawar Pteropus sp. Menggunakan Gen COI

Era Monalisa, Feky Recky Mantiri, Hanry Jefri Lengkong

Abstract


Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis variasi interspesies kelelawar Pteropus sp. dan menjelaskan hubungan filogeni Pteropus sp. dengan spesies Pteropus lain yang terdata di GenBank berdasarkan Gen COI. Analisis sekuens menggunakan Geneious v5.6.4 dan menunjukkan adanya variasi interspesies sekuens gen COI pada ketiga sampel Pteropus sp. yang ditunjukkan oleh adanya perbedaan 5 pasang basa nukleotida pada urutan sekuens sampel nomor 157, 160, 421, 427 dan 652 dengan jarak genetik 0,006. Filogeni Ke-3 sampel kelelawar Pteropus sp. dengan spesies Pteropus lain dilakukan menggunakan MEGAX. Hasil filogeni menunjukkan bahwa sampel yang diteliti merupakan kelelawar dari genus Pteropus tetapi belum dapat dipastikan spesiesnya, karena ketika pohon filogeni dikonstruksikan membentuk satu klaster sendiri. Penjelasan dari proses tersebut adalah penyortiran garis keturunan yang tidak lengkap dan terjadinya hibridisasi, serta diduga bahwa primer yang digunakan kurang mampu dalam membedakan variasi intrespesies terhadap kelelawar genus Pteropus

This study aimed to analyze the interspecificvariations of bats from Pteropus sp. and describethe phylogenetic relationship of Pteropus sp. with other Pteropus species recorded inGenBank based on the COI gene. Sequenceanalysis by Geneious v5.6.4 showed interspecificvariations of COI gene sequences in all threesamples of Pteropus sp. which was indicated byvariations in 5 nucleotide base pairs in thesequences number 157, 160, 421, 427 and 652with 0.006 of genetic distance value. Phylogeneticof the 3 bat samples of Pteropus sp. with otherPteropus species was carried out by MEGAX.Phylogenetic analyses showed that the samplesstudied are bats of the genus Pteropus, but theexact species cannot be determined because thesamples were grouped in the same cluster duringphylogenetic tree construction. The most probable explanation for this observation is hybridization between two different Pteropus spesies and also it is assumed that the primersused are not capable to distinguish interspecificvariations of the bats from the Pteropus genus

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis variasi interspesies kelelawar Pteropus sp. dan menjelaskan hubungan filogeni Pteropus sp. dengan spesies Pteropus lain yang terdata di GenBank berdasarkan Gen COI. Analisis sekuens menggunakan Geneious v5.6.4 dan menunjukkan adanya variasi interspesies sekuens gen COI pada ketiga sampel Pteropus sp. yang ditunjukkan oleh adanya perbedaan 5 pasang basa nukleotida pada urutan sekuens sampel nomor 157, 160, 421, 427 dan 652 dengan jarak genetik 0,006. Filogeni Ke-3 sampel kelelawar Pteropus sp. dengan spesies Pteropus lain dilakukan menggunakan MEGAX. Hasil filogeni menunjukkan bahwa sampel yang diteliti merupakan kelelawar dari genus Pteropus tetapi belum dapat dipastikan spesiesnya, karena ketika pohon filogeni dikonstruksikan membentuk satu klaster sendiri. Penjelasan dari proses tersebut adalah penyortiran garis keturunan yang tidak lengkap dan terjadinya hibridisasi, serta diduga bahwa primer yang digunakan kurang mampu dalam membedakan variasi intrespesies terhadap kelelawar genus Pteropus

Keywords


Pteropus sp bats; Interspecies Sequens Variation; COI Gene; Phylogenetic analysis

Full Text:

PDF


DOI: https://doi.org/10.35799/jmuo.8.2.2019.24277

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.