Barcode DNA berdasarkan Gen rbcL dan matK Anggrek Payus Limondok (Phaius tancarvilleae) (DNA Barcode of Payus Limondok Orchid (Phaius tancarvilleae) Based on the rbcL and matK genes)

Abstract

Metode identifikasi spesies telah disepakati menggunakan barcode DNA standar yaitu gen rbcL dan gen matK. Tujuan penelitian ini untuk menentukan tingkat kemiripan sekuens barcode DNA tanaman Anggrek Payus Limondok (Phaius tancarvilleae) dengan spesies kerabatnya yang sudah terdata dalam BOLD Systems, merekomendasi penggunaan barcode untuk mengidentifikasi atau mengkonfirmasi spesies ini, dan mengamati variasi intraspesifik. Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) digunakan untuk mengamplifikasi sekuens gen rbcL dan matK melalui primer universal. Barcode rbcL menunjukkan kemiripan 100% (identik) dengan dua spesies berbeda dalam famili yang sama (Orchidaceae), sehingga tidak bisa diandalkan untuk identifikasi spesies P. tancarvilleae secara akurat. Sekuens matK sampel menghasilkan kemiripan 100% dengan spesies sama yang sebelumnya telah terdata dalam BOLD Systems. Kemiripan ini mengindikasikan rendahnya variasi genetik intraspesies tetapi sekuens matK dapat diandalkan untuk identifikasi atau konfirmasi spesies anggrek P. tancarvilleae.

Kata Kunci: barcode, rbcL, matK, Phaius tancarvilleae

Abstract

Species identification methods convention have been recommended to use standard DNA barcode for plants; the rbcL and matK genes. The aims of this research were to determine similarities in barcode DNA sequences of Payus Limondok Orchid (Phaius tancarvilleae) with its close relatives that listed in BOLD Systems, to recommend the use of DNA barcodes for identification or confirmation of this species, and to observe intraspecific variations. Polymerase Chain Reaction technique was employed to amplify rbcL and matK genes using universal primers. The rbcL barcode of Payus Limondok resulted identical hit with other two different species in the same family (Orchidaceae), therefore, unreliable for accurate P. tancarvilleae species identification. The matK sequence of this plant was 100% similar with the same plant species listed in BOLD Systems. This similarity indicated low genetic variation within the species, but the matK sequence was found to be reliable for P. tancarvilleae orchid species identification or confirmation.

Keywords: barcode, rbcL, matK, Phaius tancarvilleae