Disain Primer Aktin Spesifik Tuntun Angin (Elaeocarpus floribundus) (Actin Primer Design Specific of Tuntun Angin (Elaeocarpus floribundus))

Abstract

Abstrak

Aktin merupakan salah satu dari housekeeping gene yang dapat digunakan sebagai kontrol internal pada analisis ekspresi gen.  Sampai saat ini, sekuen DNA dari gen penyandi aktin pada tanaman tuntun angin (Elaeocarpus floribundus) belum pernah dipublikasikan. Penelitian ini bertujuan merancang primer aktin spesifik untuk tanaman Elaeocarpus floribundus bedasarkan primer aktin degenerate.  Pasangan primer degenerate rancangan yang digunakan adalah PlAc46S sebagai primer forward: 5’- ATGGTNGGNATGGGNCARAA-3’ dan PlAc245N sebagai primer reverse: 3’- GTDATNACYTGNCCRTCNGG-5’.  Metode penelitian meliputi isolasi DNA dari daun segar, amplifikasi dengan teknik polymerase chain reaction (PCR), elektroforesis pada 1,2% gel agarose, perunutan nukleotida, dan analisis data menggunakan program BLASTn dan perangkat lunak MEGA versi 6.06.  Fragmen DNA aktin telah berhasil diamplifikasi menggunakan primer aktin degenerate dan telah dirancang primer aktin spesifik untuk Elaeocarpus floribundus dengan urutan sebagai berikut:5’-CCAAATCATGTTTGAGACCT-3’(forward) dan 5’-GAACACGTTAATTCCTGCTC-3’ (reverse). Primer tersebut selanjutnya dapat digunakan untuk mengamplifikasi gen aktin dari E. floribundus pada analisis ekspresi gen.

Kata Kunci: aktin, Elaeocarpus floribundus, PCR, primer degenerate, tuntun angin.

Abstract

Actin is one of the housekeeping genes which commonly be used as an internal control in gene expression analysis.  Until now, the DNA sequence of actin gene of tuntun angin (Elaeocarpus floribundus) has never been published. This study aimed to design the actin primer specific for E. floribundus based on degenerate actin primer.  The pair of the degenerate actin primers (PlAc46S 5’- ATGGTNGGNATGGGNCARAA-3’ and PlAc245N 3’- GTDATNACYTGNCCRTCNGG-5’) were used in this study.  Methods included DNA isolation from fresh leaf, PCR, electrophoresis, sequencing, and data analysis using BLASTn program and MEGA software version 6.06.  The actin DNA fragment has been successfully amplified using the degenerate actin primer and then the actin primer specific for E. floribundus with the following sequences: 5’-CCAAATCATGTTTGAGACCT-3’ (forward) and 5’- AACACGTTAATTCCTGCTC-3’ (reverse) have been designed.  The primer pairs can be used to amplify the actin gene of E. floribundus.

Keywords: actin, degenerate primer, Elaeocarpus floribundus, PCR, tuntun angin.