Identifikasi Mikroba yang Koeksis Dengan Ascidia Lissoclinum patella Menggunakan Sekuens Gen 16S rRNA

Abstract

Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk menentukan jenis mikroba koeksis denganascidia Lissoclinum patella menggunakan sekuens gen 16S rRNA. Sampel yang digunakandalam penelitian ini diambil dari jaringan tissue pada ascidia L. patella yang diambil dariperairan Malalayang, Sulawesi Utara. Sampel mikroba diinokulasi dalam media Hirata dandikultur selama ± 1 minggu. Sampel mikroba tersebut diisolasi DNA, amplifikasi melalui PCR(Polymerase Chain Reaction), elektroforesis gel agarose dan dianalisis data DNAnyamenggunakan BLAST pada NCBI (National Center for Biotechnology Information). Identifikasiyang dilakukan menggunakan BLAST diperoleh hasil 15 mikroba yang memiliki tingkatkemiripan yang tinggi dengan sekuens gen 16S rRNA sampel mikroba yaitu cyanobacteriumenrichment culture CAWBG121 dan CAWBG120 clone, uncultured Symploca sp. clone DRTO-55, Leptolyngbya sp. PCC7376 complete genome, Leptolyngbya sp. PCC7376, unculturedbacterium clone PINFEBB02, uncultured bacterium clone 5M47, Synechococcus elongatusCCMP1630, uncultured bacterium clone reef H09, Synechococcus sp. PCC7002 completegenome, Synechococcus sp. 16S rRNA gene strain PCC7002, Synechococcus sp. DNA untuk16 ribosomal RNA, Synechoccous sp. L21-BG-1, Oscillatoria rosea IAM M-220 danSynechococcus sp. PCC 8807. Tingkat kemiripan mikroba dalam NCBI dengan sampel H1berkisar antara 98-99 %.