Analisis molekuler DNA alga merah (Rhodophyta) Kappaphycus sp.

Abstract

Indonesia dilaporkan memiliki sebanyak 555 spesies atau sekitar 6.24% dari total jumlah spesies rumput laut dunia yang teridentifikasi saat ini. Rumput laut dari kelas alga merah (Rhodophyceae) menempati urutan terbanyak dari jumlah jenis yang tumbuh di perairan laut Indonesia yaitu sekitar 452 jenis. Rumput laut dari kelas alga merah ini terutama dari jenis Kappaphycus sp. memiliki tingkat plastisitas morfologi yang tinggi sehingga teknik identifikasi konvensional menggunakan indikator karakter morfologi sering kurang maksimal dalam penelusuran identitas spesies rumput laut. Penelitian ini merupakan tahapan awal dalam rangkaian analisa molekuler rumput laut jenis Kappaphycus sp. Dalam penelitian ini, ekstraksi DNA Kappaphycus sp. dilakukan dengan metode CTAB (Doyle and Doyle, 1987; Allen, 2006; Nugroho et al., 2015) yang dimodifikasi. Gen rbcL diamplifikasi pada PCR menggunakan beberapa pasangan primer. Keberhasilan proses ekstraksi DNA genomik dan amplifikasi gen rbcL dari Kappaphycus sp. dideteksi melalui UV transilluminator setelah melalui proses elektroforesis gel. Munculnya pita DNA pada penggunaan primer rbcL F-7 (for) dan R-753 (rev) yang menghasilkan panjang pita DNA antara 1400-1600 bp dan primer rbcL F-577 (for) dan R-753 (rev) yang menghasilkan panjang pita DNA antara 900-1400 bp menjadi indikasi keberhasilan amplifikasi gen rcbL pada rumput laut Kappaphycus sp.