Struktur Genom Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2)

Abstract

Abstract: The genome sequencing as well as the protein structure and  function of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is known and helps in structurally characterizing viral proteins, determining evolutionary trajectories, identifying interactions with host proteins and providing biological insights. Knowledge of the structure of the SARS-CoV-2 genome is useful as a means of understanding the disease coronavirus disease 19 (COVID-19). This study aims to determine the genome structure of SARS-CoV-2. This study is a literature review, which was conducted on 23 literatures. This study showed that 23 literatures obtained, as many as in journals suggesting the structure of the genome, there are ORF (open reading frame) / NSP (non-structural protein) and structural protein, namely: S (spike, glycoprotein), E (Envelope), M (Membrane) and N (nucleocapsid) while the remaining 5 literatures do not discuss this structure. The result of this study showed that the genome structure of SARS-CoV-2 consisted of structural proteins, namely; glycoprotein (S), envelope protein (E), membrane protein (M), and nucleocapsid protein (N) and non-structural protein (NSP) encoded by ORF1a and ORF1b via two polyproteins pp1a and pp1b.

Keywords: Genome, SARS-CoV-2

 

 

Abstrak: Urutan genom serta struktur dan fungsi protein dari severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) telah diketahui dan membantu dalam mengkarakterisasi protein virus secara struktural, menentukan lintasan evolusi, mengidentifikasi interaksi dengan protein inang dan memberikan wawasan biologi. Pengetahuan tentang struktur genom SARS-CoV-2 ini bermanfaat sebagai pengetahuan memahami penyakit coronavirus disease 19 (COVID-19). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui struktur genom SARS-CoV-2. Penelitian ini merupakan penelitian yang bersifat literature review, yang dilakukan terhadap 23 literatur yang memenuhi kriteria inklusi dan eksklusi dari penelitian ini. Penelitian ini menunjukkan bahwa 23 literatur yang didapat, sebanyak pada 18 jurnal mengemukakan tentang struktur genom terdapat ORF (open reading frame)/NSP (Non-Struktural Protein) dan protein struktural yaitu : S (lonjakan, glikoprotein), E (Envelope), M (Membran) dan N (Nukleocapsid) sedangkan sisanya terdapat 5 jurnal tidak membahas struktur tersebut. Hasil penelitian ini menunjukan bahwa struktur genom SARS-CoV-2 terdiri atas protein struktural yaitu; glikoprotein (S), protein amplop (E), protein membran (M), dan protein  nuckleokapsid dan protein non-struktural (NSP) yang di kodekan oleh ORF1a dan ORF1b melalui dua poliprotein pp1a dan pp1b.Kata Kunci: Genome, SARS-CoV-2