Penentuan Barcode DNA berdasarkan Gen matK dan Analisis In-silico MatK Rumput Macan (Lantana camara L.)

Abstract

DNA barcoding merupakan metode identifikasi spesies menggunakan potongan DNA pendek yang disebut barcode DNA. Gen matK merupakan gen standar untuk penentuan  barcode DNA tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan barcode DNA tumbuhan rumput macan (L. camara L.) berdasarkan gen matK, serta melakukan analisis in-silico terhadap produk gen matK tumbuhan rumput macan (L. camara L.) dengan kerabat terdekatnya. Gen matK L. camara L. telah berhasil diamplifikasi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer forward matK-1RKIM-f dan primer reverse matK-3FKIM-r. Analisis terhadap sekuens matK L. camara L. menunjukkan bahwa barcode DNA tumbuhan rumput macan (L. camara L.) terdiri dari 843 nukleotida. Selanjutnya, hasil analisis in-silico menunjukkan bahwa matK Lantana camara L. bersifat basa, stabil, dan dapat berinteraksi baik dengan air.

DNA barcoding is a method of species identification using short pieces of DNA called DNA barcode. matK is a standard gene to determine DNA barcode of a plant. The aim of this research was to determine the DNA barcode of Rumput Macan plant (Lantana camara L.) based on matK gene, as well as in-silico analysis of the product matK gene Rumput Macan (L camara L.) with its closest relatives. L. camara L. matK gene was successfully amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) using forward primer MATK-1RKIM-f and reverse primer MATK-3FKIM-r. Analysis of the matK sequence of L. camara L. showed that the barcode DNA of rumput macan plant (L. camara L.) consisting of 843 nucleotides. Furthermore, the result of in-silico analysis showed that the matK of L camara L. is alkaline, stable, and able to interact well with water.