Barkoding DNA pada Tumbuhan Durik-Durik (Syzygium sp.) Asal Riau Menggunakan Daerah Gen ndhF

Abstract

(Article History: Received 11 November 2020; Revised 9 January 2021; Accepted 18 January 2021)

ABSTRAK

Gen ndhF telah digunakan sebagai salah satu barkode DNA pada genus Syzygium karena divergensi urutan asam aminonya lebih besar empat kali dibandingkan rbcL. Penelitian ini bertujuan menganalisis sekuen DNA dari gen ndhF pada durik-durik (Syzygium sp.) asal Riau. Metode penelitian meliputi isolasi DNA total menggunakan kit isolasi DNA (Genomic DNA Mini Kit Plant, Geneaid), PCR, elektroforesis menggunakan 1% gel agarosa, sekuensing dan analisis data menggunakan program BioEdit versi 7, BLASTn dan MEGA 6.0. Sekuen DNA dari gen ndhF durik-durik telah diperoleh dengan ukuran 1370 pb dan memiliki kemiripan paling tinggi dengan yang dimiliki oleh S. malaccense (99,71%) dan paling rendah dengan S. acuminatissimum (98,69%). Terdapat 26 variasi nukleotida di antara aksesi yang diteliti dan dua diantaranya merupakan nukleotida kritis. Durik-durik membentuk satu kelompok dengan S. malaccense dan S. aromaticum. Namun demikian, nama spesies durik-durik belum dapat ditentukan karena tidak ada aksesi yang memiliki kemiripan 100% dengan durik-durik.

Kata kunci: Barkode DNA, Danau Kajuik, durik-durik, gen ndhF, Syzygium.

ABSTRACT

The ndhF gene has been used as DNA barcode in Syzygium because the divergence of the amino acids sequence is four times greater than rbcL. This study was to analyze the DNA sequence of ndhF gene on durik-durik (Syzygium sp.) origin Riau. Methods included total DNA isolation using Genomic DNA Mini Kit Plant (Geneaid), PCR, electrophoresis using 1% agarose gel, sequencing and data analysis using BioEdit, BLASTn dan MEGA 6.0 programs. The DNA sequence of durik-durik ndhF gene was 1370 bp in size and had the higher similarity to the one of S. malaccense (99.71%) and the lower similarity to the one of S. acuminatissimum (98.69%). There were 26 nucleotide variations and two of them were critical nucleotides. Durik-durik formed one group with S. malaccense dan S. aromaticum. Nevertheless, the species name of durik-durik still unknown because there is no accessions having 100% similarity to durik-durik.

Keywords: DNA barcode, durik-durik, Kajuik Lake, ndhF gene, Syzygium.