Morphological and Biomolecular of the Atergatis floridus Crab in the Intertidal Zone of the Minanga Coast, Manado City

Authors

  • Tamara Angela Gabriela Siahaan Program Studi Ilmu Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Sam Ratulangi, Jl. Kampus Unsrat Bahu, Manado
  • Darus Saadah J. Paransa Program Studi Ilmu Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Sam Ratulangi, Jl. Kampus Unsrat Bahu, Manado https://orcid.org/0000-0002-1147-5007
  • James J.H. Paulus Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Sam Ratulangi, Jl. Kampus Unsrat Bahu. Manado
  • Stenly Wullur Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Sam Ratulangi, Jl. Kampus Unsrat Bahu. Manado
  • Remy E.P. Mangindaan Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Sam Ratulangi, Jl. Kampus Unsrat Bahu. Manado
  • Pankie Pangemanan Program Studi Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Sam Ratulangi, Jl. Kampus Unsrat Bahu, Manado, Indonesia

DOI:

https://doi.org/10.35799/jis.v22i2.46363

Keywords:

Atergatis floridus, DNA barcode, Manado City, morphology

Abstract

This study examines the morphology and biomolecules of the Atergatis floridus crab found in the Intertidal Zone of the Minanga Beach, Manado City. Species identification was carried out by morphological and biomolecular analysis of DNA barcoding using the COI gene. Samples were collected in February and the isolation stage was in March 2022. The method used was the roaming method, namely exploring the research location to catch samples of crabs on the coast and catching crabs directly using hands protected with gloves and a flashlight for lighting. The morphological characters of concern are the shape of the carapace color and the anterior, posterior and abdominal characters. Furthermore, muscle tissue samples were taken from the crab claws for DNA isolation and sequencing processes at the company's first base laboratories, Malaysia. Based on the results of the research, samples that have been studied morphologically and sequenced show that 99.70% of the species are Atergatis floridus.

Keywords: Atergatis floridus;  DNA barcode; Manado City; morphology

Morfologi dan Biomolekuler Kepiting Atergatis floridus di Zona Intertidal Pesisir Pantai Minanga, Kota Manado

 ABSTRAK

Studi ini menelaah morfologi dan biomolekuler kepiting Atergatis floridus yang terdapat di Zona Intertidal Pesisir Pantai Minanga, Kota Manado. Identifikasi spesies dilakukan dengan pendekatan analasis morfologi dan biomolekuler DNA barcoding menggunakan Gen COI. Sampel dikoleksi pada bulan Februari dan tahapan isolasi pada bulan Maret 2022. Metode yang digunakan adalah metode jelajah, yakni menjelajahi lokasi penelitian untuk menangkap sampel kepiting di pesisir pantai dan penangkapan kepiting secara langsung menggunakan tangan yang dilindungi dengan sarung tangan dan senter untuk penerangan. Karakter morfologi yang menjadi perhatian adalah bentuk warna karapas dan karakter anterior, posterior dan abdomen. Selanjutnya diambil sampel jaringan otot pada bagian capit kepiting untuk dilakukan isolasi DNA dan proses sekuensing pada perusahaan first base laboratories, Malaysia. Berdasarkan hasil penelitian sampel yang telah ditelaah secara morfologi dan disekuens menunjukkan bahwa 99.70% spesies tersebut adalah Atergatis floridus.

Kata kunci: Atergatis floridus; DNA barkoding; Kota Manado; morfologi

References

Abdullah, M.R.A., Paransa, D.S.J., Mantiri, D.M.H., Angkow, E.D., Angmalisang, P. A., & Mudeng, J. D. 2018. Distribusi Pigmen Karoitenoid pada kepoiting grapsus sp dengan menggunakan metode kromatografi lapis tipis. Jurnal Pesisir dan Laut Tropis. Jurnal Pesisir Dan Laut Tropis, 2(1), 19–25.

Amin, F., Paransa, D.S.J., Ompi, M., Mantiri, D.M.H., Boneka, F.B., & Kalesaran, O. 2021. Identifikasi Morfologi dan Keanekaragaman Kepiting pada Timbunan Berbatu di Pantai Pesisir Malalayang Dua Kota Manado. Jurnal Pesisir Dan Laut Tropis, 9(3), 123–132. https://doi.org/10.35800/jplt.9.3.2021.37746.

Dhar, B., Ghose, A., Kundu, S., Malvika, S., Neelima, D. N., Choudhury, A., & Ghosh, S. 2016. DNA barcoding: Molecular positioning of living fossils (horseshoe crab). In DNA barcoding in marine perspectives. Spinger, Cham.

Edwards, M. H. 1834. Histoire Naturelle des Crustaces: Vol. I (pp. 1–468).

Edwards, M. H. 1837. Histoire naturelle des Crustacés comprenant l’anatomie, la physiologie et la classification de ces animaux. Librairie Encyclopedique de Roret: Vol. II (pp. 1–532).

Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L., & deWaard, J.R. 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270(1512), 313–321. https://doi.org/10.1098/rspb.2002.2218.

Ilaria, C.L., Paransa, D.S.J., Mantiri, D.M.H., Schaduw, J.N.W., Darwisito, S., & Manginsela, F.B. 2022. Morphology of Crabs in Minanga Beach, Malalayang Satu, Manado City. Jurnal Ilmiah PLATAX, 10(2), 57–66. https://doi.org/10.35800/jip.v10i2.41688.

Lepa, B.G., Paransa, D.S.J., Mantiri, D.M.H., Boneka, F.B., Lumoindong, F., & Tilaar, F.F. 2022. Identification And Diversity of Crab In Pondang And Lopana Beach Waters, South Minahasa. Jurnal Ilmiah PLATAX, 10(1), 85–91. https://doi.org/10.35800/jip.v10i1.38004.

Mcnamara, J.C., & Milograna, S. 2015. Adaptive Color Change and the Molecular Endocrinology of Pigment Translocation in Crustacean Chromatophores. In The Natural History of the Crustacea (Vol. 4, pp. 68–102).

Ng, P. 1998. The Living Marine Resources of the Western Central Pacific. In K. E. Carpenter, Crabs (pp. 1045–1083). Food and Agriculture Organization of United Nations.

Ng, P.K.L., & Davie, P.J. F. 2007. On the identity of Atergatis floridus (Linnaeus, 1767) and recognition of Atergatis ocyroe (Herbst, 1901) as a valid species from the Indian Ocean (Crustacea: Brachyura: Xanthidae). The Raffles Bulletin of Zoology, 16, 169–175.

Novitasari, D., Elvyra, R., & Roslim, D. 2014. Teknik Isolasi Dan Elektroforesis DNA Total Pada Kryptopterus apogon (Bleeker 1851) dari Sungai Kampar Kiri Dan Tapung Hilir Kabupaten Kampar Provinsi Riau.

Ostell, J.M., Wheelan, S.J., & Kans, J.A. 2001. The NCBI Data Model. In: A. D. Baxevanis & B. F. F. Ouellette (Eds.). Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, Second Edition.

Paransa, D.S.J., Mantiri, D.M.H., Lumenta, C., Ompi, M., & Pratasik, S.B. 2019. Morphological and Genetic Characteristics of Lightfoot Crab Grapsus Albolineatus Latreille in Milbert, 1812 from Manado Bay, North Sulawesi. Jurnal AACL Bioflux, 12(3), 804–811.

Poore, G.C. 2004. Marine decapod Crustacea of southern Australia: A guide to identification. CSIRO Publishing.

Poupin, J., & Juncker, M. 2010. A guide to the decapod crustaceans of the south pacific/guide des crustaces decapodes du pacifique sud. SPC FAME Digital Library.

Rustikasari, I., Paransa, D. S. J., Kaligis, E. Y., Ompi, M., Pelle, W. E., & Pratasik, S. B. 2021. Morphological identification of crabs in the rocky coast of Manado Bay. Jurnal Ilmiah PLATAX, 9(2), 210–216. https://doi.org/10.35800/jip.9.2.2021.35200.

Salvanes, A. G. V., Devine, J., Jensen, K. H., Hestetun, J. T., Sjøtun, K., & Glenner, H. 2018. Marine Ecological Field Methods. A Guide for Marine Biologists and Fisheries Scientists. John Wiley & Sons.

Saputri, A. 2018. Analisis dan Visualisasi DNA Multiple Sequence Alignment Menggunakan Dynamic Programming Needleman-Wunsch Dan Neighbor- Joining Tree. Fakultas Sains dan Teknologi UIN Hidayatullah.

Sari, S. K., Dwi, L., Mazieda, M. N., & Sulasmi, E. S. 2014. Optimasi Teknik Isolasi dan Purifikasi DNA pada Daun Cabai Rawit (Capsicum rutescens cv. Cakra Hijau) Menggunakan Genomic DNA Mini Kit (Plant) GENEAID. Proceeding Biology Education Conference , 65–70.

Stimpson, W. 1858. Prodromus descriptionis animalium evertebratorum, quae in Expeditione ad Oceanum Pacificum Septentrionalem, a Republica Federata missa, Cadwaladaro Ringgold et Johanne Rodgers ducibus, observavit et descripsit W. Stimpson. Pars IV. Crustacea Cancroidea et Corystoidea, Cancridae. Proceedings of the Academy of Natural Sciences of Philadelphia, 31–40.

Suherman, S. P., & Arsad, S. 2020. Analisis Filogenetik Dan DNA Barcode Ektoparasit Octolasmis cor Yang Terinfestasi Pada Kepiting Bakau Scylla spp. Jambura Fish Processing Journal, 2(2), 94–100. https://doi.org/10.37905/ jfpj.v2i2.6969.

Sukmaningrum, T., Adji, B. K., Pratiwi, E. M., Larasati, B., Sayekti, P. R., Maulana, I., & Eprilurahman, R. 2020. Diversity of crabs in the intertidal zone at Sundak Beach, Gunungkidul, Indonesia. AIP Conference Proceedings.

Tallei, T. E., Koneri, R., & Kolondam, B. J. 2017. Sequence Analysis of the Cytochrome C Oxidase Subunit I Gene of Pseudagrion pilidorsum (Odonata: Coenagrionidae). Makara Journal of Science, 21(1), 43–52. https://doi.org/ 10.7454/mss.v21i1.7536.

Tasma, I. M. 2016. Pemanfaatan Teknologi Sekuensing Genom untuk Mempercepat Program Pemuliaan Tanaman. Jurnal Penelitian Dan Pengembangan Pertanian, 34(4), 159–168. https://doi.org/10.21082/jp3.v34n4.2015.p159-168.

Untu, P., Rumengan, I. F. M., & Ginting, E. L. 2015. Identifikasi Mikroba yang Koeksis Dengan Ascidia Lissoclinum patella Menggunakan Sekuens Gen 16S rRNA. Jurnal Pesisir Dan Laut Tropis, 3(2), 23–33. https://doi.org/10.35800/ jplt.3.2.2015.10110.

Wahyudi, A. J. 2006. Kepiting Beracun Suku Xanthidae: Kajian dan Hipotesis Faktor-Faktor Penyebabnya. Jurnal Oseana, XXXI(4), 31–38.

Widyastuti, E. 2003. Kepiting Beracun, Suk Xanthidae. Oseana, XXVIII(2), 11–19.

Ylmaz, M., Ozic, C., & Gok, lhami. 2012. Principles of Nucleic Acid Separation by Agarose Gel Electrophoresis. In Gel Electrophoresis - Principles and Basics. InTech. https://doi.org/10.5772/38654.

Downloads

Published

2023-03-14

How to Cite

Siahaan, T. A. G., Paransa, D. S. J., Paulus, J. J., Wullur, S., Mangindaan, R. E., & Pangemanan, P. (2023). Morphological and Biomolecular of the Atergatis floridus Crab in the Intertidal Zone of the Minanga Coast, Manado City. Jurnal Ilmiah Sains, 22(2), 135–143. https://doi.org/10.35799/jis.v22i2.46363

Issue

Section

Articles