Molekuler Docking tehadap Senyawa Eugenol dan Myricetin pada Tanaman Cengkeh (Syzygium aromaticum) sebagai Penghambat Pertumbuhan SARS-CoV-2

Abstract

Abstract: Cloves contain many chemical compounds that can be used for health. COVID-19 is a disease that is shaking the world today. Many people feel the impact of this disease. Until now, there is no definite cure and vaccine for the handling of COVID-19.  Objective to determine the interaction between compounds in cloves (eugenol and myricetin) and the main protease COVID-19 (6LU7). This study use a molecular docking, method using 4 main applications: autodock tools, autodock vina, biovia discovery studio and open babel. This study showed that almost all amino acid residues in the eugenol and myricetin compounds worked on the 6LU7 active site. The binding affinity of eugenol compounds in clove plants does not exceed the binding affinity of remdesivir, a drug studied as a drug for handling COVID-19, while the binding affinity of myricetin compounds in cloves plant exceeds the binding affinity of remdesivir. In conclusion, myricetin compounds have better results for use as a growth inhibitor for COVID-19 than eugenol.

Key words: Cloves, COVID-19, molecular docking.

Abstrak: Cengkeh memiliki banyak kandungan senyawa kimia yang dapat dimanfaatkan bagi kesehatan. COVID-19 merupakan penyakit yang mengguncang dunia saat ini. Banyak masyarakat yang merasakan dampak dari penyakit ini. Hingga saat ini belum ada obat dan vaksin yang pasti untuk penanganan COVID-19. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui interaksi antara senyawa pada cengkeh (eugenol dan myricetin) dengan main protease COVID-19 (6LU7). Jenis penelitian ini menggunakan metode molekuler docking dengan menggunakan 4 aplikasi utama: autodock tools, autodock vina, biovia discovery studio dan open babel. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa hampir semua residu asam amino pada senyawa eugenol dan myricetin bekerja pada sisi aktif 6LU7. Hasil binding affinity senyawa eugenol pada tumbuhan cengkeh tidak melebihi binding affinity dari remdesivir, obat yang diteliti sebagai obat penanganan COVID-19, sedangkan hasil binding affinity senyawa myricetin pada tumbuhan cengkeh melebihi binding affinity dari remdesivir. Simpulan penelitian ini ialah senyawa myricetin memiliki hasil yang lebih baik untuk digunakan sebagai penghambat pertumbuhan COVID-19 dari pada eugenol.

Kata kunci: Cengkeh, COVID-19, molekuler docking.