Identifikasi molekuler rotifer Brachionus sp. asal perairan Tumpaan, Minahasa Selatan

Abstract

Rotifer yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari Tumpaan, Minahasa Selatan dan telah dikultur massal selama beberapa generasi.  DNA genom rotifer diekstraksi mengikuti prosedur qiagen DNeasy Blood & Tissue kit; amplifikasi gen COI (Cytochrome oxidase sub unit 1) dilakukan dengan bantuan mesin PCR (Polymerase chain reaction) menggunakan primer universal (LCO1490 (forward) dan HCO2198 (reverse));dan dilanjutkan dengan pengurutan nukleotida produk PCR. Pengolahan data hasil sekuens dilakukan dengan menggunakan program ABsequens dan MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) Identifikasi spesies dilakukan dengan menggunakan teknik BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) di situs Genbank. Hasil amplifikasi gen COI menggunakan DNA template ekstrak DNA genom rotifer terobservasi adanya pita DNA pada posisi sekitar 700 bp.Kualitas hasil pengurutan nukeotida menggunakan produk PCR menunjukan nilai CRL (contignous read length) dan QV20⁺(quality value lebih besar dari 20) yang tinggi (>600 nukleotida).Hasil BLAST menunjukkan bahwa rotifer dalam penelitian ini merujuk pada rotifer Brachionus plicatilis complex spesies.Maximum dan total score, prosentase query cover dan prosentase identity masing-masing pada nilai1003-1116, 87-96% dan 96-97%.