Sekuen Penyandi 18S Ribosomal RNA dan Ubiquitin pada Pandanus sp. Asal Riau (Sequences Encoding 18S Ribosomal RNA and Ubiquitin on Pandanus sp. from Riau)

Abstract

Abstrak

 

Gen penyandi 18S ribosomal RNA (18S rRNA) dan ubiquitin merupakan anggota dari housekeeping genes yang sering digunakan sebagai kontrol internal pada analisis ekspresi.  Penelitian bertujuan mengisolasi kedua gen tersebut pada tanaman Pandanus sp asal Riau.  Metode penelitian meliputi isolasi DNA total, elektroforesis, PCR, purifikasi gel, sekuensing, dan analisis data sekuen DNA menggunakan program BioEdit version 7.0.0, BLASTn, dan MEGA6.  Sekuen DNA penyandi 18S rRNA (420 bp) dan ubiquitin (493 bp) telah diperoleh.  Sekuen 18S rRNA Pandanus sp memiliki kemiripan sebesar 99% dengan beberapa spesies Pandanus. Sekuen ubiquitin Pandanus sp memiliki kemiripan sebesar 87%-89% dengan sekuen ubiquitin dari beberapa tanaman dan alga hijau.  Dendrogram yang diturunkan dari kedua sekuen juga mendukung hasil tersebut bahwa sekuen 18S rRNA dari Pandanus sp. membentuk satu kelompok dengan sesama sekuen 18S rRNA, begitu pula dengan sekuen ubiquitin Pandanus sp. membentuk satu kelompok dengan sesama sekuen ubiquitin. Kedua gen berpotensi dijadikan kontrol internal setelah dilakukan validasi.

Kata kunci: RNA ribosom 18S, housekeeping gene, Pandanus sp., Riau, ubiquitin.

 

Abstrak

 

This research aimed to isolate genes encoding 18S rRNA and ubiquitin in Pandanus sp. from Riau. The research method included total DNA extraction, polymerase chain reaction, electrophoresis, gel purification, sequencing, and DNA sequence analysis using BioEdit version 7.0.0, BLASTn, and MEGA6 programs. Sequences encoding 18S rRNA (420 bp) and ubiquitin (493 bp) had been obtained. The BLASTn analysis showed that 18S rRNA of Pandanus sp. had 99% similarity to some species of Pandanus. Ubiquitin sequence in Pandanus sp. had 87%-89% similarity to ubiquitin sequences of some plants and green algae.  Dendrograms generated from both sequences also supported the results that 18S rRNA sequence of Pandanus sp. was the same group as 18S rRNA on Pandanus genus. Similarly, ubiquitin sequence of Pandanus sp was the same cluster as other plants. Both genes were potentially used as internal control in gene expression studies after their validation.

Keywords: 18S ribosomal RNA, housekeeping gene, Pandanus sp., Riau, ubiquitin.